Jaden Yuki lélekszakadva rohan a híres Párbaj Akadémia felvételijére, ahol varázserejű lapok segítségével mérik össze tudásukat a résztvevők. A nagy sietség közepette beleütközik egy titokzatos idegenbe, aki a kezébe nyom egy lapot. Nem valami erős darab, de Jadennek minden segítség jól jön, balszerencséjére ugyanis a kampusz egyik legjobb tanárával, dr. Vellian Crowlerrel kell megküzdenie. De Jadent semmi és senki nem rettenti el, ha párbajról van szó. A jelenlévők nem kis meglepetésére főhősünk lemossa a pályáról a magabiztos tanárt. Nem is sejti, mit indít el ezzel. Sok felsőbbévesnek azonnal szúrni kezdi a szemét a dolog, nem beszélve a megalázott tanárról, aki bosszút esküszik. Jaden ugyan bekerül az Akadémiára, de a legalacsonyabb rangba, a piros Sliferekhez sorolják. Persze őt ez cseppet sem zavarja. Örül, hogy felvették, és bízik a sikereiben. A besorolás azonban nem a véletlen műve: elkezdődött dr. Crowler bosszúhadjárata. A Kék Obeliszk kollégium nevelőtanárának célja, hogy pokollá tegye Jaden életét és kirugassa az Akadémiáról. Persze fiatal titánunknak nem csak a dilis professzor ármánykodásaival kell megbirkóznia, diáktársaival is akadnak összetűzései. Többek közt a nagyképű, beképzelt Chazzel, a bájos Alexisszel, az évek óta iskola első Zane-nel. De barátokat is szerez: ilyen a félénk Syrus, akivel a felvételi vizsgán ismerkedik meg. Később csatlakozik hozzájuk a szobatárs Chumley, aki nem éppen a szorgalmáró híres. Az évek folyamán mindketten változnak: Jaden hatására mindketten rátalálnak a helyes útra. Nem is csoda hogy a baráti kör gyarapodni kezd. Ahogy halad előre a sorozat, a diákoknak rá kell döbbenniük, hogy a világ nem csak a párbajlapokról és párbajokról szól, a barátság épp úgy elengedhetetlen ahhoz, hogy jó harcosokká váljanak. Lassan a gonosz erők is működésbe lépnek – megjelennek az árnylovagok, akiknek a képessége meghaladja a legjobb hallgatókét, és céljaik elérése érdekében semmitől nem riadnak vissza. Az évek során összekovácsolódott csapat komoly feladat elé kerül: magát a világot kell megmentenie.

A párbajok lényege ugyan az, mint az eredeti YuGiOh-ban: szörnyeket kell megidézni a kártyák segítségével, és nullára csökkenteni velük az ellenfél életpontjait. Az életpontok azonban az első sorozathoz képest nem két-, hanem négyezer pontról indul, és minden párbaj holografikus. A versenyzők a karra erősített Párbajdiszkkel hívhatják meg a lapokat.

A címben szereplő GX a „Generation Next” (következő generáció) rövidítése. A cselekmény az eredeti YuGiOh után játszódik 10 évvel és egy új nemzedékről szól. (vagyis se Yugi, se Joey, se Tristan, se Téa…) A szemfülesebbeknek azért találhatnak utalást a nagy elődökre: a „titokzatos” idegen nem más, mint Yugi Muto, a Játékok királya, de felbukkan a rébuszokban beszélő Maximillion Pegasus is. Maguk a főszereplők szándékosan hasonlítanak az előző sorozat egyes figuráira. 

Iskolai házak

Kék Obeliszk: az éltanulók és a felső tízezer tagjainak a gyűjtőhelye. Egyenruhájuk kék-fehér, életkörülményeik fényűzőek.

Rá Sárga: ide kerülnek a jó képességű tanulók. Egyenruhájuk sárga-fehér.

Slifer (lúzerek) piros: a „legalja”. Akiket a Sliferek közé sorolnak, örülhetnek, hogy egyáltalán felvették őket, és fedél van a fejük felett. Egyenruhájuk piros-fehér.