Miután Yugi Mutou legyőzte a világbajnok Seto Kaiba-t, Maximillion Pegaus, a Duel Monsters megalkotója kihívta egy párbajra, aminek a végeredményeként Sugoroku lelkét ellopta. Yugi a barátaival elmegy a Párbaj Palotához, hogy kiszabadítsa nagyapja lelkét. A hajóúton Weevil Underwood a tengerbe dobja Yugi Exodia kártyáit, így amint megkezdődik a Palotánál a verseny Yugi első ellenfele Weevil, akitől sikeresen elnyer két Csillag Chipet. Joey első párbaja Mai Valentine ellen szintén győzelemmel ér véget és 2 Csillag Chipje lesz. Yugi második ellenfele Mako Tsunami. A győzelem után immár 5 Csillag Chippel, Yugiéknak új ellenfele akad, Mokuba Kaiba, Seto öccse, aki ellopta egy gyerek kártyáit és Csillag Chipjeit, hogy Yugit legyözhesse és megmenthesse a Kaiba Corp.-ot. Mokuba vesztésre állt, így ellopott 2 Csillag Chipet Yugitól. Yugiék meggyőzték, hogy adja vissza, de Pegasus egyik őre a tengerbe dobta őket, így Yuginak ismét 3 Csillag Chipje lett. Yugi következő ellenfele egy Setonak öltözözz bérenc. Miután Yugi nyer, megtartja Seto pakliját, hogy később visszaadhassa, és elnyer 3 Csillag Chipet. A következő párbaj Jeoy és Rex Raptor között zajlik. Joey nyer és így elnyerte a Vörösszemű Éjsárkány-t (Red-Eyes B.Dargon). A párbaj után Yugiék találkoznak Bakura Ryou-val aki az egyik osztálytársuk, akiről kiderül hogy az Ezeréves Gyürű birtoklója. Yugi legyőzte a GYürű szellemét, és megmenti barátait. Ezalatt Mai-t legyőzte egy Eliminátor (Player Killer) és elvette az összes Csillagját. Yugi ezek után legyőzte a Killert és vissza szerezte Mai csillagjait. Ezután megjelenik az igazi Seto aki legyőzi Joey-t az általa létrehozott új kivetitővel. Másnap Joey-t elrabolják és párbajra kényszerítik Bandith keith egyik csatlósával, Ghosttal. Joey nyer, így 6 Csillag Chipje van már. A következő párbaj 2-2 ember között zajlik (Joey & Yugi vs. Para & Dox). Yugiék yernek így mindkettőjüknek meglesz a 10 Csillag Chipje és indulhatnak a palotába. A Palota elött Yugit kihívja Seto, aki zsarolással nyer, de később Mai ad Yuginak 5 Csillag Chipet. Amikor beérnek Seto éppen Pegasus ellen párbajozik és veszít, aminek az eredményeként őt is egy kártyába zárja Pegasus. Másnap megindulnak az elődöntők Yugi vs. Mai és Joey vs. Bandith között. Joey és Yugi nyer így ők párbajoznak, Yugi nyer. Ezek után Yugi legyőzi Pegasust és a pénzt Joeynak adja. Mikor Yugiék haza mennek (Sugorokuval) megjelenik Rebecca aki azt hiszi hogy Sugoroku ellopta az apja (Arthur Hopkins) Kékszemüjét. Később megtudja hogy tévedett. Ezek után Setot az emberei egy virtuális játékba zárják amiből Yugi, Joey, Mai és Mokuba menti meg. Másnap nyílik egy új bolt aminek a vezetője Yugiék új osztálytársa aki legyőzi Joey és később Yugit is le akarja az általa kitalált Dungeon Dice Monsters nevű játékkal, de Yugi nyer. És ezzel vége a Duelist Kingdomnak.
Yugi Ezeréves Ikonját egy reggel ellopja egy csuklyás alak, akiről kiderül, hogy Bandit Keith, de valaki irányítja a gondolatait. Yuginak kisebb-nagyobb nehézségek árán sikerül isszaszereznie az Ikont, de az új ellenség miatt nincsenek gondtalan percei. Az éjszaka Setot elhívja Ishtar Ishizu a Dimino Múzeumba, ahol a nő elmeséli neki a Duel Monsters eredetét, majd az Ezeréves Nyakláncával jeleneteket mutat neki a múltból, és neki adja az egyik Istenkártyát, az Obelisk, the Tormentor kártyát, és megkéri, hogy szervezzen egy bajnokságot, hogy a Kísértetek nevű ritka kártyákra vadászó csoportot elkaphassák. Yugi aggódik az Ikon szelleme miatt, ezért megkéri Tea, hogy találkozzon vele. A randi végén Tea és a szellem elmennek a Domino Múzeumba, mivel egy újsághírdetsében látták, hogy egy egyiptomi kiállítást tartanak ott. Ők is találkoznak Ishizuval, aki elmondja a szellemnek, hogy Ő egy 3000 éves Fáraó szelleme, és hogy egy új veszély közeleg, egy Yugiék számára eddig nem ismert Ezeréves Ikon hordozójának személyében. Yugi Ishizu tanácsát követve elmennek a városközpontba, ahol Seto bejelenti az új bajnokságot, a Battle Cityt. A versenyen mindenkinek egy új Duel Disket kell viselnie, és azzal kell párbajozni, a veszteseknek pedig a legértékesebb lapjukat a győzteseknek kell adniuk. A Kísértetek első áldozata Joey, akitől elnyerik a Vöröszemű Éjsárkányt, de Yugi visszanyeri egy Puzzle Carddal együtt. Joey nem fogadja el a kártyát, hanem Yuginak adja, de megígéri, hogy egyszer visszanyeri. A versenyen a párbajozóknak Puzzle Cardokat kell gyűjteniük. Az első nyolc párbajozó, akinek összegyűl a hat Puzzle Card tovább jut a negyeddöntőkbe. Jyonouchi legyőzi Espa Robat, és megkapja tőle Jinzot, majd Yugi lgyőzi Pandorat, egy Kísértetet. Joey következő ellenfele Weevil Underwood, akitől a két Puzzle Card melett az Insect Queent kapja meg, majd Yugi legyőzi Malikot, aki egy bábut irányítva harcol, és megkapja tőle a Slifer the Sky Dragon istenkártyát illetve egy Puzzle Cardot, majd két Kísértettől Setoval elnyernek egy Puzzle Cardot. Joey utolsó ellenfele Mako Tsunami, akitől 2 Puzzle Cardot és a Legendary Fisherman-t kapja. Malik Kísértetei Jyonouchi párbaja után, elrabolják Jyonouchit és Tea, majd Malik átveszi felettük az irányítást. Yugi Seto segítségét kéri, hogy megtalálja barátait, de előtte egy 2 Vs. 2 párbajban le kell győzniük Umbrat és Lumist, másodjára is, így elnyeri az utolsó két Puzzle Cardot. Végül Yuginak egy élet-halál harcban sikerül kiszabadítania Joey Malik irányítása alól, és mindenki megmenekül, ráadásul Shizuka, aki Maijal, Otogival, és Tristannal érkezik meg a párbajra, leveszi a kötéseit, hogy megmentse Joey a vízbefulástól. Miután együtt a csapat, Mai egy párbajban legyőzi Jean Cloude Magnumot, majd a kijelölt helyre megy a csapat, ahol egy léghajót találnak. A nyolc párbajozó, aki továbbjutott, pedig Mai, Jeoy, Malik, Namu, (Jeoyék egyik új ismerőse), Seto, Yugi és egy titokzatos nő...
Miután Yugi megnyerte a Battle Cityt, és megszerezte a három Egyiptomi Istenkártyát, a fáraó végre megtudhatná a múltját, ha Dartz, a Doom Orichalcos vezetője el nem rabolná a Rat, Obelisket, és Osirist. Yugi és Atem álmukban a Dark Magician Girl által vezetve megszerzik az első Legendás Sárkányt, Timaeust. Yugit nagyon meglepi a Doom Soldier, aki először használja ellene a Seal of Oracle Curse kártyát. Miután Yugi legyőzte, Dartz elragadta a lelkét. A következő meglepetés az, amikor a Duel Monsters igazivá válik. Yugiék, hogy kiderítsék mi folyik itt, elfogadják Pegasus meghívását és elmennek a Párbaj Palotába. Mai, aki azóta gyengének érzi magát amióta Malik legyőzte, de minden bajnokságot sorra megnyer, kihívja Pegasust, és le is győzi, így Pegasus lelkét is elveszik. Megjelenik a három Doom Soldier, Varon, Amelda és Raphael. Amelda kihívja Setot, de döntetlent játszanak, így senki sem veszíti el a lelkét, de Seto a párbaj alatt megszerzi a második Legendás Sárkányt, Critiast. Mai, hogy bebizonyítsa Jyonouchinak, hogy erősebb nála kihívja, de szerencsére az erdmény itt is döntetlen. Ezalatt a áprbaj alatt Jyonouchi kiszabadítja a harmadik Legendás Sárkányt Hellmost. A következő párbajra már egy völgyben kerül sor Yugi és Raphael között. Yugi használja a Seal of the Oracle Curset, de veszít, így Yugi lelkét elveszi Dartz. Miután Yugi elment a fáraó teljesen agresszívvá és kegyetlenné válik, így szinte halálig támadja Hagat, akinek Dartz elragadja a lelkét. Ugyan ez történik Ryusakival is, leszámítva, hogy Jyonouchi csak szimplán legyőzi. A fáraó elmegy a Vad Kövek Völgyébe, ahol egy elvesztett lelket megtalálhat. Yugi meg is jelenik neki, és kihívja, hogy legyőzze a fáraóban a sötétséget de veszít, így a lelkét megint elveszik. Ezután Dartz elküldi az Oracle-Curse-Soldiert, hogy szerezze meg a fáraó lelkét, de sikertelenül. Rebecca és Otogi ezalatt elindulnak a fáraóért, de találkoznak Varonnal, és Rebecca bosszút akar állni Yugiért, így kihívják, de veszítenek. Seto viszont a Kaiba Corp. repülőjén legyőzi Ameldat, akinek a lelke Dartzhoz jut, akárcsak Varoné, akit Jyonouchi győz le. Jyonouchi rögtön a párbaj után szembeszáll Maijal, aki legyőzi a fiút, és Dartzhoz küldi a lelkét. Mai ekkor rájön, hogy milyen gonoszak a Doom Soldierek, és bosszút akar állni, de veszít. A fáraó végül eljut a Doom bázisára, és legyőzi Raphaelt, így már csak Dartz, Anzu, Honda, Mokuba, Seto és a fáraó lelke maradt meg (meg persze Sugorokué). A fáraó és Kaiba kihívják Dartzot. Seto kiesik, de a fáraó legyőzi Dartzot. Már azt hinné az ember hogy vége, a lelkek kiszabadulnak, de ekkor kiemelkedik a vízből Atlantis, és megjelenik rajta a God of Serpents. A fáraó úgy dönt, hogy elnyeli magában az isten sötétségét, és így megtisztul. A csapat végül elindul haza...
A csapat indulna haza, csak hát nincsen pénzük, helyette viszont részt vehetenek a Kaiba Corp. új versenyére, a KC GrandPrixra, ami 16 párbajozó között zajlik (a nyertes párbajozik Yugival). Az első fordulóban Jyonouchi legyőzi Mask the Rock-ot, avagy Sugorokut, Yugi nagyapját, Leon Willson Richard Goat-ot, Rebecca Vivian Wong-ot, Sieg Lloyd pedig Fortune Simon, avagy Haga és Ryusaki felett arat győzelmet. Ezenkívül tovább jut még Paul McGregor, Ape, Barry Ginger, és Ethan Shark. A második fordulóban Rebecca legyőzi Ape-et, így tovább jut, Jyonouchi viszont kikap Sieg-től. A harmadik fordulóban Rebecca Leon ellen párbajozik...